Krosstoga
Paven oppmoda folk til å reise i krossferd fordi kristne pilegrimar som hadde oppsøkt Jesu grav, var blitt angripne av muslimar. Han ønskte å spreie kristendommen austover, men økonomiske motiv var òg viktige. Krosstoga skulle samle kristne over heile Europa om ei felles sak. Viktig var også tilgangen til heilagdommane, mellom anna grava til Jesus, i Jerusalem.
Sjølv om ikkje krosstoga sikra pavestaten særleg større landområde over tid, fekk dei konsekvensar. Fiendskapen mellom krosstogfararar og muslimske krigarar auka, og mange menneske blei drepne. Krossfararane var berykta for råskapen sin og kamplysta dei viste. Enkelte kristne samfunn blei etablerte i Midtausten etter føydalt mønster for kortare periodar. Samtidig fekk Europa kjennskap til matematikk og navigasjonsteknologi frå dei muslimske områda. Ein annan konsekvens var eit større skilje mellom kyrkja i det bysantinske riket, austkyrkja, og kyrkja i Roma.
Så mange som 150 000 menneske kan i åra frå 1095 til 1100 e.Kr. ha reist for å kjempe mot dei muslimske rika aust for Middelhavet. Også norrøne vikingar, mellom dei Sigurd Jorsalfare, deltok i krosstog i tida frå 1010 til 1110.
Inkvisisjonen
At kyrkja fekk større makt, kom òg av at kyrkja innførte kristendommen gjennom krigføring innanfor dei europeiske områda. Mellom anna blei område som var under muslimsk oppukasjon i Spania og Portugal, angripne av krossfararane. Kyrkja oppretta ein eigen trusdomstol, inkvisisjonen. Denne domstolen hadde til oppgåve å straffe folk som kyrkja mistenkte for vranglære. Tortur og brenning på bål var kjende straffemetodar. På 1400-talet, under den spanske inkvisisjonen, var konvertittar særleg utsette for å ende livet sitt på denne måten. Konvertittar var dei som hadde gått over frå jødedommen eller islam til kristendommen. Konvertittane blei mistenkte for å undergrave kyrkja sin posisjon i Europa.
Investiturstriden
Kyrkja sitt ønske om å sikre seg samfunnsmakt førte til open konflikt under kong Otto 1. (912–973). Otto 1. var den første kongen som samla tysk-italienske område under det same kongedømmet. Paven bad Otto 1. om politisk vern. Alliansen førte til at Otto 1. blei krona til keisar over Det tysk-romerske riket i 962.
I alliansen med paven sikra Otto 1. seg retten til investitur. Investitur er retten til å bestemme kven som skal innsetjast som biskopar eller utnemnast til andre geistlege embete. Slik sikra den tysk-romerske keisaren seg òg makt over kyrkja. Ordninga blei kalla «det ottonske systemet».
Investitur var viktig for keisaren. Kyrkja var ein stor jordeigar. Å sikre seg kontroll over kyrkja sine eigedommar var derfor svært interessant for keisaren. Men i kyrkja voks motstanden mot det «ottonske systemet».
Då Gregor 7. blei vald til pave i 1073, kravde hans straks rett til å kunne avsetje keisarar. Keisar Henrik 4. svarte med å hevde at paven ikkje var rettmessig pave – altså ein løgnar. Konflikten heldt fram med at Gregor 7. lyste Henrik i bann. Det innebar at han ikkje fekk lov til å ta del i messer eller ha åndelege samtalar med prestar. No vende fleire lensherrar keisaren ryggen.
Resultatet av konflikten blei eit kompromiss: Den tyske-romerske keisaren måtte seie frå seg retten til å bestemme over bispetilsetjingane. Til gjengjeld måtte biskopane love truskap og å stille bønder som soldatar. Kyrkja sin siger over «det ottonske systemet» gjorde at kyrkja styrkte makta si i heile det katolske Europa.
Om lag 200 år seinare oppstod den same konflikten i Noreg. Då var det kong Sverre som prøvde å kontrollere dei kyrkjelege tilsetjingane.