Korstogene
Paven oppfordret folk til å reise i korstog mot Det hellige land i Palestina. Han ønsket å spre kristendommen østover, men også økonomiske motiver var viktige. Korstogene skulle samle kristne over hele Europa om en felles sak. Viktig var også tilgangen til helligdommene, blant annet Jesu grav, i Jerusalem.
Selv om ikke korstogene sikret pavestaten særlig større landområder over tid, fikk de konsekvenser. Fiendskapet mellom korstogfarere og muslimske krigere økte, og mange mennesker ble drept. Korsfarerne var beryktet for sin råskap og kamplyst. Enkelte kristne samfunn ble etablert i Midtøsten etter føydalt mønster for kortere perioder. Samtidig fikk Europa kjennskap til matematikk og navigasjonsteknologi fra de muslimske områdene. En annen konsekvens var et større skille mellom kirken i det bysantinske riket, østkirken, og kirken i Roma.
Så mange som 150 000 mennesker kan i årene fra 1095 til 1100 e.Kr. ha reist for å kjempe mot de muslimske rikene øst for Middelhavet. Også norrøne vikinger, mellom dem Sigurd Jorsalfare, deltok i korstog i tiden fra 1010 til 1110.
Inkvisisjonen
At kirkens makt økte, kom også av at kirken innførte kristendommen gjennom krigføring innenfor de europeiske områdene. Blant annet ble områder som var under muslimsk okkupasjon i Spania og Portugal, angrepet av korsfarere. Kirken opprettet en egen trosdomstol, inkvisisjonen. Den hadde til oppgave å straffe folk som kirken mistenkte for vranglære. Tortur og brenning på bål var kjente straffemetoder. På 1400-tallet, under den spanske inkvisisjonen, var konvertitter særlig utsatt for å ende sitt liv på denne måten. Konvertitter var de som hadde gått over fra jødedommen eller islam til kristendommen. Konvertittene ble mistenkt for å undergrave kirkens posisjon i Europa.
Investiturstriden
Kirkens ønske om å sikre seg samfunnsmakt førte til åpen konflikt under kong Otto 1. (912–973). Otto 1. var den første kongen som samlet tysk-italienske områder under det samme kongedømmet. Paven ba Otto 1. om politisk beskyttelse. Alliansen førte til at Otto 1. ble kronet til keiser over Det tysk-romerske riket i 962.
I alliansen med paven sikret Otto 1. seg retten til investitur. Investitur er retten til å bestemme hvem som skal innsettes som biskoper eller utnevnes til andre geistlige embeter. Slik sikret den tysk-romerske keiseren seg også makt over kirken. Ordningen ble kalt «det ottonske systemet».
Investitur var viktig for keiseren. Kirken var en stor jordeier. Å sikre seg kontroll over kirkens eiendommer var derfor svært interessant for keiseren. Men i kirken vokste motstanden mot «det ottonske systemet».
Da Gregor 7. ble valgt til pave i 1073, krevde hans straks rett til å kunne avsette keisere. Keiser Henrik 4. svarte med å hevde at paven ikke var rettmessig pave – altså en løgner. Konflikten fortsatte med at Gregor 7. lyste Henrik i bann. Det innebar at han ikke fikk lov til å delta i messer eller ha åndelige samtaler med prester. Nå vendte flere lensherrer keiseren ryggen.
Resultatet av konflikten ble et kompromiss: Den tysk-romerske keiseren måtte si fra seg retten til å bestemme over bispetilsettelsene. Til gjengjeld måtte biskopene love troskap og å stille bønder som soldater. Kirkens seier når det gjaldt bispetilsettelsene, bidro til å styrke kirkens makt i hele det katolske Europa.
Om lag 200 år seinere oppsto den samme konflikten i Norge. Da var det kong Sverre som forsøkte å kontrollere de kirkelige ansettelsene.