Misnøyen med president Siad Barre og hans regime økte i løpet av 1980-årene, mens presidenten fortsatte å plassere sine egne i viktige posisjoner. Kuppmakerne fra 1978 hadde dannet en ny opposisjonsgruppe (Somali Salvation Democratic Front), med støtte fra Etiopia.
Maktkamp og fredsavtale
En rekke andre opposisjonsgrupper kom også til og utfordret makten til presidenten. Somali National Movement (SNM), med basis i Isaaq-klanen, var en av de største, og den hentet også støtte fra Etiopia. Da Siad Barre nesten ble drept i en bilulykke i 1986, begynte usikkerheten å spre seg. Maktkampen om hvem som skulle ta over etter Siad Barre, hardnet til. Presidenten overlevde på mirakuløst vis, og i 1988 inngikk han en fredsavtale med Etiopia.
Borgerkrig
Fredsavtalen med Etiopia utløste en lang borgerkrig. En av forutsetningene for avtalen var at Etiopia skulle slutte å støtte opprørsgrupper inne i Somalia. Det førte til panikk blant opprørsgruppene. President Siad Barres regime hadde nemlig lenge drevet en rå og hensynsløs politikk mot innbyggerne nord i Somalia, som tilhørte en annen klan enn ham selv. SNM, som nå hadde mistet støtten fra Etiopia, angrep myndighetenes militærinstallasjoner i området. I kampene mellom SNM og myndighetene ble tusenvis av mennesker drept eller såret. Over en halv million mennesker ble drevet på flukt. Mange av dem havnet i Etiopia og Djibouti, og etter hvert i europeiske og amerikanske land.
De interne stridighetene i Somalia var til dels blitt undertrykt av en felles kamp mot en ytre fiende – Etiopia – og av presidentenes stadig mer undertrykkende regime. Nå som Siad Barres makt begynte å vakle, og krigen med Etiopia var over, boblet de interne konfliktene og maktkampene til overflaten. Klanlojaliteten, som myndighetene forsøkte å fjerne i 1970- og 80-årene, fikk igjen fritt spillerom. For eksempel oppfordret president Siad Barre, i et siste desperat forsøk på å holde på makten i hovedstaden Mogadishu, alle fra klanen Darod om å likvidere medlemmer fra klanen Hawiye. Hawiye hadde tradisjonelt hatt makten i Mogadishu-området og hadde alliert seg med SNM i nord. Siad Barre måtte til slutt rømme fra Mogadishu. Da han var fjernet som en felles fiende, begynte kampene mellom flere undergrupper av Hawiye om makten i Mogadishu.
FN-intervensjon
Egyptiske soldater på vei for å sikre nødhjelpsforsyninger i Somalia i 1992. De var en del av FNs operasjon «Restoring Hope».
En av de mest kjente episodene fra denne krigen er skildret i filmen «Black Hawk Down». Det som utløste den internasjonale interessen for denne hendelsen, var ikke volden i seg selv, men at amerikanske soldater var involvert. FN gikk nemlig inn i Somalia i 1992 i et forsøk på å få i stand fred. Men i juni 1993 ble 24 pakistanske soldater som var med i denne USA-ledede aksjonen, drept i Mogadishu. FN svarte deretter med å sende inn helikoptre og beskyte basene til krigsherren Mohamed Farrah Aidid. Aidid var leder for opprørsgruppen United Somali Congress (USC), med basis i Hawiye-klanen, som kjempet om makten etter at Siad Barre forlot Mogadishu. Aidids styrker lyktes i å skyte ned et av helikoptrene. Den døde piloten ble dratt gjennom gatene, med hele verden som øyenvitne gjennom CNNs kameraer. Dette var en av de første gangene slike krigshandlinger var blitt overført nærmest «live», og brutaliteten i bildene gjorde et uutslettelig inntrykk på verdenssamfunnet.
Underernært barn i slummen i Mogadishu under hungersnøden i Somalia, 1992
En annen grunn til at FN intervenerte i Somalia i 1992, var en omfattende tørkekatastrofe. Tørken førte til hungersnød, og det er beregnet at over en halv million mennesker døde. Bildene av sultende og feilernærte barn nådde også etter hvert massemedier over hele verden og utløste en sympatiflom. Denne delen av FN-operasjonen var mer vellykket, og FN-soldater fikk sikret havnebyer og andre grenseposter, der nødhjelp kunne fraktes inn. Mange av nødhjelpssendingene ble likevel stjålet eller plyndret. Også Norge sendte soldater til denne FN-operasjonen. I 1995 forlot USA og FN Somalia.