Den viktigste årsaken til tap av biomangfold er at leveområdene til mange arter ødelegges ved fysiske inngrep som endrer arealene. Andre trusler mot biomangfoldet kan være forurensning, klimaendringer, høsting og introduksjon av fremmede arter.

Myrgrøfting i Klæbu, Sør-Trøndelag
Fragmentering – natur går tapt bit for bit
Et betydelig problem er at mye natur går tapt bit for bit, såkalt fragmentering av landskapet. Det er vanskelig å si at akkurat den skogteigen eller den bekken er avgjørende. Men den samlede effekten av at mange skoger blir hogd og mange bekker blir forurenset eller lagt i rør, blir ofte for stor. Når det blir for langt mellom hvert egnede levested, vil artene få problem med å spre seg, og det blir fare for innavl. Denne effekten kommer i tillegg til at leveområdene blir færre og mindre.
Stans i tradisjonell bruk av kulturlandskapet kan også føre til at viktige naturtyper, og artene som lever der, blir borte. Dette gjelder særlig planter og insekter.
Arealendringer som truer biomangfoldet
- Tap av villmarkspregede områder
- Lukking, senking og planering av elver og bekker
- Utbygging og utretting av elver
- Oppdyrking og intensivert bruk av jordbruksareal
- Utbygging og gjengroing i fjellet
- Utbygging og gjengroing ved kysten

Stillehavsøstersen er en svartelista art som har vært tilstede i norske farvann siden 2000-tallet. Den konkurrerer med andre arter om plass og føde.
Marine økosystemer er utsatt for stort press som følge av overfiske, forurensning og havforsuring. I sørlige deler av landet er forsurede vann og vassdrag fortsatt et problem for fisk og andre organismer i vann.
Klimaendringene vil føre til at leveområder endres, og at nye arter etablerer seg. En del av disse artene kan det kanskje bli hyggelig å få på besøk. Men mange kan gjøre skade på avling, være sykdomsspredere og/eller fortrenge de opprinnelige artene.