Bakterier finner vi over alt i naturen. Noen av disse kan fremkalle sykdom hos planter og dyr ved at de produserer giftstoffer eller at de angriper celler. De fleste bakteriene har imidlertid livsviktige oppgaver som er helt nødvendig for at økosystemene skal fungere.

Som nedbrytere lever bakteriene av dødt organisk materiale. De sørger for at byggesteiner kan gjenbrukes ved å gjøre næringsstoffer tilgjengelige for planter. Uten bakterier ville organisk avfall hope seg opp, og kretsløp ville stoppet uten denne resirkuleringen av nyttige byggesteiner.

Bakterier er også viktige for å omdanne stoffer i naturen til stoffer som planter kan nyttiggjøre seg. Nitrogen er en viktig byggestein i alle levende organismer. Lufta rundt oss inneholder 78 prosent nitrogen (N₂), men planter og dyr kan ikke utnytte nitrogengassen.

Nitrogenet må bindes og omdannes til ammonium eller nitrat som planter kan ta opp. Nitrogenfikserende bakterier lever i jord og i rotknoller hos mange planter i erteblomstfamilien og or (slektene Rhizobium og Frankia). Disse forsyner plantene med bundet nitrogen og får karbohydrater tilbake.

Yoghurt, ost, spekepølse, brød og øl er alle produkter som er fremstilt eller konservert ved hjelp av bakterier, og da spesielt melkesyrebakterier. Bakteriene er helt nødvendige for å få frem produkter med ønsket kvalitet i form av konsistens, smak og viktige helsemessige faktorer.

Bakteriene kan også inngå i produksjonen av ulike kjemiske stoffer. Denne produksjonen er både billigere og mer miljøvennlig enn tradisjonell kjemisk industri. På avfallsplasser gjør bakteriene også en viktig jobb. De kan endre matavfall og husdyrgjødsel til biogass og biogjødsel.

Forskning viser at bakterier er viktige både for en sunn fordøyelse og en sunn helse. Bakterier i fordøyelsessystemet vårt bryter ned mat vi ikke kan bryte ned selv, de hemmer veksten av skadelige bakterier og de kan produsere K-vitaminer i tarmene.

Genteknologi

Bakterier var de første organismene som ble genmodifisert. Genteknologien har gjort det mulig å sette nye gener inn i plasmider, og få bakterier til å ta opp de genmodifiserte plasmidene. Når bakterier med det nye plasmidet deler seg, får man mange kopier av det nye genet. Slike bakterier kan dyrkes i store tanker hvor de produserer det ønskede proteinet etter oppskrift fra det nye genet. Denne teknikken har vært viktig for legemiddelindustrien, og benyttes blant annet til produksjon av insulin og antistoff til vaksiner.

Bruk av mikroorganismer i produksjonen har gitt renere medisiner, og en prosess som er både raskere og billigere enn tidligere metoder.

Rensing

Bakterier kan også brukes til å redusere forurensning. For eksempel blir oljespisende bakterier brukt til rensing etter oljeutslipp. Dette har god effekt, men prosessen er veldig tidkrevende. Det har også vist seg at noen naturlige jordbakterier kan bryte ned miljøgifter som har havnet i naturen etter plantesprøyting. Dette har videre blitt utnyttet til å rense vann ved å tilsette bakterier til sandfiltrene i renseanlegg. Det er dette vi kaller biologisk rensing, fordi det er bakteriene som gjør rensejobben.

Vi finner tilsvarende rensesystemer i kloakkrenseanlegg. Hovedhensikten med biologisk rensing av kloakk er å redusere nitrogen- og fosforinnholdet, samt å bryte ned de organiske forbindelsene.