Ett kjennetegn ved bakteriene er at de har en cellevegg utenfor cellemembranen. Denne celleveggen er viktig som beskyttelse. I tilknytning til celleveggen har også mange bakterier flageller som benyttes til bevegelse.

Bakteriens cellevegg
Bakterier har en cellevegg som omslutter cellemembranen og stabiliserer fasongen til bakterien. Veggens evne til å motstå trykket i cella hindrer bakterien i å sprekke, når mengden oppløste stoffer gjør at det osmotiske trykket blir høyt. For eksempel kan Escherichia coli ha 2 atmosfærers trykk.
Celleveggen hos bakterier er hovedsakelig bygd opp av peptidoglykan, og er helt forskjellig fra cellevegger hos planter og sopp. Peptidoglykan finnes i over 100 varianter, men består alltid av to karbohydrater kryssbundet til aminosyrer.
For at de små bakteriene skal bli lettere å studere i mikroskop, er det vanlig å farge dem med ulike metoder. Fargen er også til hjelp i klassifiseringen.
Bakterier kan inndeles i to hovedgrupper, Gram-positive (G+) og Gram-negative (G-), etter om de lar seg farge ved en metode som ble beskrevet i 1884.
Gram-positive bakterier har cellevegg med ett tykt lag av peptidoglykaner som tar til seg farge. Celleveggen til gram-negative bakterier er komplisert bygd med flere lag, og lar seg ikke farge like lett.
Slimkapsel

Streptokokker (gram-positive). Det gel-lignende slimlaget som omgir bakteriene beskytter patogene stammer mot immunsystemet. Disse kan forårsake sår hals, betennelse i mandlene, skarlagensfeber og sårinfeksjoner.
Bakterier er ofte omsluttet av en karbohydratholdig slimkapsel som skilles ut av celleveggen. Kapselen beskytter bakterien mot omgivelsene, blant annet fordi immunforsvarets celler ikke gjenkjenner bakterien gjennom slimlaget.
Flageller

Antall og plassering av flagellene er karakteristisk for bakteriearten.
Noen bakterier kan bevege seg ved gliding på faste underlag og ved gassbobler i væsker, men den vanligste bevegelsesmåten er ved hjelp av flageller (svingtråder).
Bakterieflagellene er tynnere og enklere bygd enn de som finnes hos eukaryoter, men er den mest kompliserte av organellene hos bakterier. Flagellene er spiralformede og består av proteinet flagellin. Festene gjennom vegg og membran sørger for en roterende bevegelse.
Stavformede og spiralformede bakterier kan ha flageller som er flere ganger lengre enn organismen, og gjør dem i stand til å svømme en avstand som er mange ganger bakteriens lengde per sekund. Evnen til bevegelse øker overlevelsesmulighetene fordi det gjør bakteriene i stand til å flytte seg mot gunstigere miljø.
Trådformede utvekster

Bakteriell konjugasjon. Disse bakteriene har både festetråder (fimbrier) og sexpilus.
Mange bakterier har hårlignende strukturer (fimbrier) på sin overflate. Noen av disse hjelper bakterien med å feste seg til overflaten på celler, slik at de kan starte en infeksjon.
Andre utvekster er de rørformede sexpilus som brukes til å overføre arvestoff mellom bakterier ved konjugasjon.